R语言如何绘制富集圈图

R语言如何绘制富集圈图

什么是富集圈图?

富集圈图(Enrichment Circle Plot)是一种展示基因富集分析结果的可视化工具。下图由四个圈组成,展示了从外到内的不同信息。下面是各个圈的详细描述:

第一圈:富集的分类

这一圈显示的是基因富集的不同分类,基因可以根据功能、通路或其他特征被划分为不同类别。每个类别由不同的颜色表示,以便清晰区分。

第二圈:背景基因中的分类数目及P值

这一圈显示每个分类中背景基因的数目,同时标注该分类的统计显著性值。基因数目较多的条形图较长,而P值越小,富集度越高的部分颜色越红,表明该分类的富集显著性越强。这一圈的作用是展示该分类在背景基因中的频次及其统计显著性。

第三圈:上下调基因比例条形图

这一圈展示了每个分类中上调和下调基因的比例。条形图上,深紫色代表上调基因的比例,浅紫色代表下调基因的比例。条形的长度表示该分类中上下调基因的比例,图下方还会显示具体的比例数值。如果输入的差异基因数据没有区分上下调基因(即只有一列数据),第三圈将显示前景基因的总数目。

第四圈:Ratio值

这一圈展示了每个分类的Ratio值,即该分类中前景基因的数量与背景基因的比例。Ratio值越高,说明该分类中的基因越富集。背景基因的辅助线帮助用户理解Ratio值,每个小格表示0.1的富集倍数。

综上所述,富集圈图通过层层递进的方式提供了富集分析的多个维度信息,帮助研究者全面了解不同基因分类的富集情况和差异。

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